并行计算节点数量规划
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如何估算多组学分析并行计算的集群规模?需要多少节点?
多组学分析集群规模估算为什么不能只看测序数据量很多人习惯用”多少T测序数据”直接对应”多少台节点”,这个思路在转录组和单细胞场景下容易翻车,原因在于多组学分析包含基因组、转录组、表观组、蛋白组和代谢组,不同任务对计算资源的消耗形态完全不同,任务类型决定并行维度基因比对与变异检测:依赖高性能CPU,单线程性能比核……
多组学分析集群规模估算为什么不能只看测序数据量很多人习惯用”多少T测序数据”直接对应”多少台节点”,这个思路在转录组和单细胞场景下容易翻车,原因在于多组学分析包含基因组、转录组、表观组、蛋白组和代谢组,不同任务对计算资源的消耗形态完全不同,任务类型决定并行维度基因比对与变异检测:依赖高性能CPU,单线程性能比核……